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BioChain cfPure®無細胞核酸提取

 更新時間:2020-10-09 點擊量:1023

 

BioChain成立于1994年,總部位于舊金山灣區。

BioChain是高質量的生物樣品處理產品和分析服務的,用于推進轉化醫學,伴隨診斷和臨床產品研發。BioChain的產品可用于DNA和RNA測序,PCR和RT-PCR,基因表達分析,DNA和RNA純化,蛋白質提取和純化以及蛋白質表達分析。從臨床樣品收集,樣品制備,測序到生物信息學分析,BioChain的新一代測序一站式服務將*改變整個行業。

除了我們生物標本和樣品制備業務外,BioChain還涉足臨床應用,提供癌癥和生殖健康方面的臨床基因組學診斷產品和臨床試驗服務。BioChain致力于通過我們的持續過程改進計劃以具競爭力的價格獲得高質量的產品和服務。BioChain建立了全面的質量保證計劃,以滿足客戶的滿意,并為我們的內部生產設施維持ISO9001:2015和ISO 13485:2016認證。

BioChain cfPure®無細胞核酸提取

cfPure®無細胞核酸提取的功能

cfPure®無細胞DNA提取試劑盒 是基于磁珠的DNA提取試劑盒,旨在從人血漿和血清中分離循環的無細胞DNA(cfDNA)。該套件具有快速,簡單和自動化友好的協議,使用戶能夠快速提取高質量的cfDNA,該DNA可用于下游應用,包括實時PCR,數字PCR和下一代測序。

cfPure®無細胞核酸提取

 

高cfDNA的質量,純度和產量

cfPure®無細胞DNA提取試劑盒是BioChain基于磁珠的新型DNA提取試劑盒,旨在從血漿,血清和尿液中分離循環的無細胞DNA(cfDNA)。該試劑盒提供了一種簡單且自動化友好的協議,使用戶可以從一系列樣品量中快速提取高質量的下游cfDNA。

應用范圍:

從血漿,血清和尿液中提取高質量的無細胞DNA,用于下一代測序(NGS),亞硫酸氫鹽測序,PCR,qPCR,ddPCR和其他苛刻的應用。

優點和特點:

  • 用途廣泛: 從<1mL至> 10mL的血清或血漿中提取–在單管或24至96孔板中
  • 自動化友好: 在KingFisher™和液體處理儀器上,提取過程大約需要50分鐘
  • 高效省時: 手動提取方案只需不到75分鐘
  • 具有成本效益: 從1毫升血漿中每次提取的*3美元(250毫升試劑盒的標價)
  • 洗脫體積:  15 µL至50 µL

cfDNA試劑盒產生可重復的結果

 

血漿ID回收的總DNA(ng)
一種7.00
一種7.05
32.45
33.50
C26.80
C27.70
d10.90
d10.90

表1.為了評估可重復性,使用cfPure®無細胞DNA提取試劑盒從4種不同人類供體的1 mL血漿中提取DNA,一式兩份。

相對于競爭的cfDNA的有效回收

提取套件樣品編號
毫升血漿中回收的cfDNA(ng)

每毫升血漿(ng)115 nt ALU序列cfDNA(通過PCR)
競爭對手T1個4.991.97
BioChain的cfPure1個6.352.53
競爭對手T26.183.21
BioChain的cfPure28.283.93
競爭對手T36.933.79
BioChain的cfPure37.503.87

表2.通過cfPure®無細胞DNA提取試劑盒或競爭對手的基于磁珠的無細胞DNA提取試劑盒,從來自三個不同供體的2 mL血漿中純化了cfDNA。通過熒光方法或qPCR使用與ALU序列DNA互補的引物評估DNA的回收率。

 

 

1.cfPure®無細胞DNA試劑盒用于從5 ml健康人血漿中分離DNA?;厥盏?2 ng的cfDNA(150-200 bp片段),并帶有少量gDNA污染。

 

 

圖2.使用各種樣品體積(.2,.5、1、5、10ml)從兩個人類供體的血漿中提取cfDNA。然后通過Qubit高靈敏度DNA測定法定量cfDNA產量。相對于初始樣本量繪制產量,并計算其趨勢線的R 2值。

cfDNA由終用戶通過NGS驗證

通過cfPure萃取cfDNA ® cfDNA Extraction試劑盒是*的下游應用如NGS。在第三方研究cfDNA從10毫升的人血漿用BioChain公司的cfPure提取從4個供體®(B),競爭對手T的(T),和競爭對手Q的(Q,基于列的)cfDNA提取試劑盒。然后為每個樣品構建文庫,并進行全基因組測序。從數據分析來看,三種提取方法均未顯示出明顯的性能差異:插入片段大小,作圖率,全基因組覆蓋率,取代率和GC偏倚。

 

 

圖3.相對于插入物長度的讀取數。每條曲線代表來自相同提取方法的4個樣品的平均值。

 

 

圖4.通過將特定GC含量的讀數數除以所有GC箱的平均讀數數來計算GC箱中的覆蓋率或深度的百分比。數字1表示平均覆蓋率,小于1的數字表示低于平均覆蓋率,而大于1的數字表示高于平均覆蓋率。

自動化就緒

cfPure®無細胞DNA提取試劑盒適用于KingFisher™和液體處理儀器。借助KingFisher™Flex和BioChain的cfPure®無細胞DNA提取試劑盒,可在50分鐘內提取多達96個1 ml樣品,或在一小時內提取24個5 ml樣品。

 

 

圖5.使用KingFisher Flex自動純化系統和BioChain的cfPure®系統(cfPure KingFisher)或競爭對手的試劑盒(Competitor T KingFisher)從4 mL EDTA血漿中純化cfDNA。將兩種自動提取方法與使用cfPure®(cfPure手動)進行的手動提取進行了比較。使用與ALU重復序列互補的引物通過qPCR評估cfDNA的回收率。

 

 

 

技術指標

樣本類型(常規):液體樣品(例如血清),dsDNA
高吞吐量兼容性:自動化協議
下游應用:下一代測序,PCR,實時PCR
生產線:cfPure®
產品尺寸:1套
運輸條件:室內溫度

 

套件內容

K5011610K5011625K5011625MA
2 x 1.33 mL cfPure無細胞DNA磁珠5 x 1.33 mL cfPure無細胞DNA磁珠5 x 1.33 mL cfPure無細胞DNA磁珠
1 x 115 mL cfPure無細胞DNA裂解/結合液3 x 95 mL cfPure無細胞DNA裂解/結合液1 x 95 mL cfPure無細胞DNA裂解/結合液
2 x 55 mL cfPure無細胞DNA洗滌液5 x 55 mL cfPure無細胞DNA洗滌液1 x 65 mL cfPure無細胞DNA洗滌液
1 x 6 mL cfPure無細胞DNA洗脫液1 x 15 mL cfPure無細胞DNA洗脫液1 x 15 mL cfPure無細胞DNA洗脫液

 

引文

 

血液檢測與PET-CT成像相結合的可行性,以篩查癌癥并指導干預

Lennon AM,Buchanan AH,Kinde I等。

[2020年4月28日在線發布]。 科學。doi:10.1126 / science.abb9601

 

 

  用 重復元素測序評估非整倍性

Douville C,Cohen JD,Ptak J,Popoli M,Schaefer J,Silliman N,Dobbyn L,Schoen RE,Tie J,Gibbs P,Goggins M,Wolfgang CL,Wang TL,Shih IM,Karchin R,Lennon AM,Hruban RH ,Tomasetti C,Bettegowda C,Kinzler KW,Papadopoulos N,VogelsteinB。

美國國家自然科學委員會。2020 Mar 3; 117(9):4858-4863。doi:10.1073 / pnas.1910041117。Epub 2020 2月19日。PMID:32075918

 

 

游離DNA 在 癌癥: 當前 的見解

Fettke H,Kwan EM,Azad AA。

Cell  Oncol(Dordr)。2019二月; 42(1):13-28。doi:10.1007 / s13402-018-0413-5。EPUB 2018年10月26日。評論。

PMID:30367445