美國GRC公司：Glen Research Corp 創建于1987年，專注于為DNA和RNA寡核苷酸的化學合成，修飾，標記和純化提供zui廣泛的亞磷酰胺和固體支持物，現已有近三十年的歷史，在低聚核苷酸及修飾、改性領域一直處于地位。

結構/活動關系

以下產品用于研究當關鍵結構元件改變時對寡核苷酸活性的影響。7-脫氮嘌呤單體缺乏對氫鍵合關鍵的基團。7-Deaza-8-aza-A和7-deaza-8-aza-G（PPG）單體是A和G的異構體，并且具有相似的電子密度。它們在寡核苷酸中的存在相對于A和G略微穩定。與G不同，PPG不會導致聚集，并且可以容易地制備和分離富含G的寡核苷酸。在5'-末端具有PPG的5'-熒光素寡核苷酸比等同的G寡核苷酸淬滅得少得多。作為胸苷的嘌呤類似物，7-脫氮-2'-脫氧黃嘌呤核苷（7-deaza-dX）有望對三鏈體的DNA結構產生有趣的影響。7-Deaza-dX還與2,4-二氨基嘧啶核苷類似物形成非標準堿基對。標準核堿基具有未共享的電子對，其突出到雙鏈DNA的小溝中。與DNA，聚合酶，逆轉錄酶，限制酶等相互作用的酶可以使用氫鍵供體基團與小溝中的氫鍵受體接觸。3-Deaza-2'-deoxyadenosine非常有趣，因為它保持了常規Watson-Crick氫與T鍵合的能力，但缺乏通常由N3提供的3-位的電子對。

穩定性說明

7-Deaza-dG對碘氧化不穩定。使用碘氧化時多添加2次，或在無水乙腈中使用0.5M（10-樟腦磺?；?- 氧雜氮丙啶（CSO），3分鐘。氧化時間。（參見Glen Report-Vol.9，,1996，第8頁。）

知識產權

7-Deaza-8-aza-dG（PPG）僅用于研究目的，不得用于商業，臨床，診斷或任何其他用途。本產品受Epoch Biosciences，Inc。的所有權所有，并由Epoch Biosciences，Inc。許可制造和銷售。本產品不存在商業用途的隱含許可，許可必須直接從Epoch Biosciences獲得，有關本產品任何擬議商業用途的公司。“商業用途”包括但不限于產品的銷售，租賃，許可或其他轉讓或從中衍生或生產的任何材料，銷售，租賃，許可或其他授權使用產品或任何衍生材料或由其生產，或使用本產品為第三方收取服務（包括合同研究）。

Eclipse，Gig Harbor Green，Redmond Red和Yakima Yellow是Epoch Biosciences，Inc。的商標。

參考（S）

1. IV Kutyavin等，Nucleic Acids Res。，2002,30,4952-4959。

結構/活動關系（第2部分）

與dU相比，C-核苷2'-脫氧假尿苷形成穩定的C：pseudoU-A三聯體。2-氨基嘌呤缺乏對氫鍵有關的基團，是一種溫和的熒光基質。

對于寡核苷酸結構的研究，對硫修飾堿基的需求繼續擴大，但主要用于交聯目的。6-Thio-dG，4-硫代-dT和4-硫代-dU是用于光交聯和光親和標記實驗的非常有用的修飾。含有2-硫代-dT的寡聚物可用作通過作為光敏探針檢測蛋白質-DNA相互作用。2-硫代-dT中的硫代羰基特別令人感興趣，因為它可與與DNA的小溝相關的化合物反應。2-氨基-A形成非常穩定的堿基對，其中T含有三個氫鍵，但堿基對與2-硫代-T的穩定性大大降低。由于胸苷的2-硫基和2-氨基-A的2-氨基之間的空間相互作用，堿基對僅含有一個氫鍵。

穩定性說明

6-硫代-dG，4-硫代-dT和4-硫代-dU被保護為S-氰基乙基醚，其在合成期間是穩定的并且易于通過氫氧化銨除去。向用于脫保護的氫氧化銨中加入50mM氫硫化鈉（NaSH）是至關重要的。特別是如果進行室溫脫保護，該技術從根本上降低了氨解的水平，這將導致不希望的胺化堿。此外，還希望在氫氧化銨裂解和脫保護之前除去氰乙基保護基團（在乙腈中1M DBU，2-5小時/ RT）。

其他儀器類型

所有次要堿基，RNA產物和改性劑都包裝在適合ABI和其他儀器的隔膜小瓶中。如果您想要其他類型的樣品瓶/色譜柱，請將以下內容添加到目錄號的末尾。

結構/活動關系（第3部分）

由于存在另外的氨基，8-氨基-dA和8-氨基-dG可用于三鏈體形成。

2'-脫氧黃嘌呤核苷（dX）是天然存在的核苷，其可以衍生自2'-脫氧鳥苷（dG）的氧化脫氨基。dX具有與胸苷相似的鍵合模式，并且它可以與dA堿基配對，這種嘌呤 - 嘌呤相互作用導致雙重失真。dX還嘗試用新的堿性對dX和嘧啶-2,4-二胺核苷擴展遺傳字母表。dX也對DNA損傷和修復領域的研究人員感興趣，因為它是一氧化氮誘導的誘變產物。

穩定性說明

含有8-氨基-dG的合成寡核苷酸必須被裂解并用含有0.25M 2-巰基乙醇的氫氧化銨去保護，以避免8-氨基-dG位點的氧化降解。

鹵化核苷

溴化和碘化核苷用于寡核苷酸結構的結晶學研究。它們也是光不穩定的，用于交聯研究以探測蛋白質-DNA復合物的結構。Br-dU存在抗體，含有Br-dU的寡核苷酸可用作探針。

穩定性說明

含有abromo或碘基的寡核苷酸按常規制備，除了在室溫下在氫氧化銨中進行脫保護24小時。在這些條件下，鹵素基團的降解小于2％。

其他儀器類型

所有次要堿基，RNA產物和改性劑都包裝在適合ABI和其他儀器的隔膜小瓶中。如果您想要其他類型的樣品瓶/色譜柱，請將以下內容添加到目錄號的末尾。

DNA損傷/修復

細胞DNA不斷受到氧化和烷基化，自由基以及紫外線和電離輻射的破壞。因此，身體已經進化出許多修復酶系統來切除和修復這些病變。8-氧代嘌呤單體可以研究含有8-氧代突變的寡核苷酸的結構和活性，當DNA經受氧化條件或電離輻射時，該突變是天然形成的。5,6-二氫嘧啶是天然存在的化合物，其是丙氨酸轉移RNA的結構組分。二氫尿嘧啶和羥基嘧啶是通過將DNA暴露于電離輻射而形成的主要堿基損傷產物。

穩定性說明

含有8-氧代-dG的合成寡核苷酸必須用含有0.25M 2-巰基乙醇的氫氧化銨裂解和去保護，以避免8-氧代-dG位點的氧化降解。

使用濃氫氧化銨或50mM碳酸鉀在無水甲醇中裂解使用5,6-二氫-dU或5,6-二氫-dT和UltraMILD單體合成的寡核苷酸。*裂解和去保護可在室溫下在2-4小時內完成，而不損害二氫-dU或二氫-dT堿基。

其他儀器類型

所有次要堿基，RNA產物和改性劑都包裝在適合ABI和其他儀器的隔膜小瓶中。如果您想要其他類型的樣品瓶/色譜柱，請將以下內容添加到目錄號的末尾。

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DNA損傷/修復（第2部分）

8-氨基-G與8-氧代-G一起形成，作為由2-硝基丙烷引起的DNA損傷中形成的主要誘變損傷。2-硝基丙烷是一種工業溶劑，是油漆，染料和清漆的組分，也存在于香煙煙霧中。當胸腺嘧啶經受氧化應激（包括電離輻射）時，形成胸腺嘧啶二醇（5,6-二羥基-5,6-二氫胸腺嘧啶）。胸苷的5,6雙鍵的氧化在C5和C6處產生兩個手性中心。產生順式-5R，6S形式作為主要產物以及其他非對映異構體順式-5S，6R形式。DNA中胸苷二醇的存在具有顯著的生物學后果，并且許多生物具有用于切除該病變的特異性修復酶。 

發生DNA中核苷殘基的水解以產生無堿基位點。常見的是，dA位點被水解，導致脫嘌呤并導致無堿基殘基。對于試圖確定其DNA化學合成中的脫嘌呤來源是否是試劑，流體或基于方案的研究人員，我們提供抗脫嘌呤的dA單體。一種新的化學方法允許使用非常溫和的特定條件在雙鏈和單鏈寡核苷酸中產生無堿基位點，并且副反應的可能性非常低。初的Abasic亞磷酰胺（10-1924）已經停產，因為它表現出低耦合效率，并且后合成化學是相當具有挑戰性的。Abasic II Phosphoramidite1是制備真正無堿基位點的替代品。該產物具有簡單的優點，即使用乙酸水溶液在合成后除去甲硅烷基。dSpacer也被成功地用作高度堿不穩定的abasic的模仿。

穩定性說明

含有8-氧代-dG的合成寡核苷酸必須用含有0.25M 2-巰基乙醇的氫氧化銨裂解和去保護，以避免8-氧代-dG位點的氧化降解。

使用濃氫氧化銨或50mM碳酸鉀在無水甲醇中裂解使用5,6-二氫-dU或5,6-二氫-dT和UltraMILD單體合成的寡核苷酸。*裂解和去保護可在室溫下在2-4小時內完成，而不損害二氫-dU或二氫-dT堿基。

參考（S）

1. K. Groebke和CJ Leumann，Helv Chim Acta，1990,73,608-617。

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DNA損傷/修復（第3部分）

所有生物體中DNA損傷的主要來源之一是太陽光的紫外線成分。UV光對DNA誘導的主要反應是鄰近的嘧啶堿基的二聚化，導致環丁烷二聚體（CPD）。以顯著量形成的二聚體是兩個胸腺嘧啶堿基的順式 - 順式環丁烷二聚體。雖然常規形成，但這些二聚體產物通過核苷酸切除修復（NER）被酶促地有效切除和修復，或者通過光解酶逆轉二聚化。另一種氧化損傷模式是輻射誘導的DNA損傷，已經證明它可以導致橋接的環核苷。盡管還檢測到環嘧啶，但主要形成嘌呤，環-dA和環-dG。Cyclo-dA具有雙重吸引力，因為它含有受損的堿基和受損的糖殘基，因此應具有相當大的生物學影響。以類似于胸腺嘧啶二聚體的方式，環嘌呤引起常規DNA螺旋的顯著變形，并且這些損傷不是通過堿基切除修復（BER）而是通過NER修復的。

儀器類型

對于這些非常昂貴的亞磷酰胺，ABI隔膜小瓶是標準小瓶。將E添加到目錄號。對于加速小瓶或V到目錄號。用于加速V小瓶。

DNA損傷/修復（第4部分）

基底切除修復（BER）是研究多的修復機制之一。在該途徑中，DNA糖基化酶識別受損的堿基并通過N-糖苷鍵的水解來催化它們的切除。試圖了解DNA糖基化酶識別DNA損傷的結構基礎受到這些酶與其DNA底物短暫結合的阻礙。為了克服這個問題，哈佛大學的Verdine小組合成了一種吡咯烷類似物，它模擬了酶 - 底物復合物的帶電過渡態。當納入雙鏈DNA時，他們發現吡咯烷類似物（PYR）作為吡咯烷-CE亞磷酰胺引入，與DNA糖基化酶AlkA形成極其穩定的復合物，

點擊DNA和RNA連接

使用Click Chemistry將含有5'-疊氮化物的寡聚物與含有3'-炔丙基的寡聚物連接，得到三唑鍵，其已顯示具有體內生物相容性。該技術已被用于合成長達300個堿基的DNA構建體。當將得到的三唑鍵置于PCR模板中時，各種聚合酶能夠正確地復制序列。還顯示該連鎖與轉錄和滾環擴增以及大腸桿菌中的基因表達相容。在RNA世界中，已顯示在底物切割位點含有三唑鍵的錘頭狀核酶保留其活性。設想了這種生物相容性化學連接的多種應用。在湯姆布朗的幫助下提供對這項技術的支持

生物相容性三唑連接

參考（S）

1. AH El-Sagheer，AP Sanzone，R。Gao，A。Tavassoli和T. Brown，Proc Natl Acad Sci USA，2011,108,11383-43。
2. AH el-Sagheer和T. Brown，Chem Commun（Camb），2011,47,12057-8。
3. AP Sanzone，AH El-Sagheer，T。Brown和A. Tavassoli，Nucleic Acids Res，2012。
4. A.Dallmann等，Chemistry，2011,17,14714-7。
5. AH El-Sagheer和T.Brown，Proc Natl Acad Sci USA，2010,107,15329-34。

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微小RNA的5'-標記

已經開發了幾種用于檢測miRNA的方法，然而，很少有方法可以同時檢測多種miRNA。為了克服這種分析缺陷，斯圖加特大學的Richert小組近開發了一種巧妙的方法來選擇性檢測微陣列上的miRNA，而不受內源前mRNA，mRNA和其他RNA種類的干擾。在該方法中，通過原位激活微RNA，將含有3'-氨基-dT和5'報道分子的短寡核苷酸以一步法化學連接到微RNA上。這通過利用與其他RNA不同的miRNA被5'-磷酸化的事實來特別實現。該反應是模板指導的（因此序列特異性的）并且可以與酶促3'-延伸/標記一起進行，無論是在解決方案中還是在支持上。短DNA標記鏈可以以多種不同標記中的一種??為特征，例如生物素組或熒光團。

參考（S）

1. H. Vogel和C. Richert，ChemBioChem，2012,13,1474-82。
2. R. Eisenhuth和C. Richert，Journal of Organic Chemistry，2008,74,26-37。
3. E. Kervio，A.Hochgesand，UE Steiner和C. Richert，Proc Natl Acad Sci USA，2010,107,12074-9。

2'-5'連接的寡核苷酸

細胞DNA和RNA由通過3'-5'磷酸二酯鍵連接在一起的核糖核酸和2'-脫氧核糖核酸組成，并且遠遠包含細胞中發現的大量多核酸。更不常見的是具有2'-5'鍵的寡核苷酸。然而，2'-5'連接的寡核苷酸的*特征是它們選擇性結合互補RNA的能力。這些特征表明2'-5'連接寡核苷酸的許多有趣用途，例如它們用作RNA特異性探針或用于反義寡核苷酸。近，使用3'-脫氧-2'-亞磷酰胺和2'-脫氧-3'-亞磷酰胺合成寡核苷酸以產生具有2'-5'連接末端和3'-5'連接中心區的嵌合體。發現2'-5'硫代磷酸酯寡核苷酸：1）以與磷酸二酯寡核苷酸相同的親和力選擇性結合互補RNA; 2）表現出與細胞蛋白的非特異性結合; 3）不激活RNase H.否則正常寡核苷酸的3'末端的3'-脫氧核苷有效阻斷聚合酶延伸。